In Everquest II benutzt ein Großteil aller Tätigkeiten das Magiesystem als Basis. So folgen z.B. Zauber, besondere Fähigkeiten, einige Fähigkeiten von Monstern sowie Kampf- und Herstellungskünste alle dem gleichen Grundsystem und unterscheiden sich im wesentlichen nur durch die Art ihrer Ausführung. Fähigkeiten brauchen im Gegensatz zu Zaubern und Kampf- bzw. Herstellungskünsten nicht eingeprägt („memorized“) zu werden und verbrauchen somit auch keinen Einprägungsslot. Desweiteren brauchen Zauber und Kampf- bzw Herstellungskünste zusätzlichen fast immer Power als Rohstoff, wobei Zauber eine große Bandbreite an Anwendungsgebieten abdecken und die Kampf- und Herstellungskünste speziellerer Natur sind.

Fähigkeiten

• Spell Avoidance: Bekommt jeder Archetype und gibt an, wie gut man magischen Angriffen widerstehen kann.
• Focus: Bekommt jeder Archetype und gibt an, wie schwer es ist beim Wirken eines Zaubers unterbrochen zu werden.
• Disruption: Gibt die Erfolgsrate beim Wirken von Schadenszaubern an.
• Subjugation: Gibt die Erfolgsrate beim Wirken von Beschwörungen an.
• Ministration: Gibt die Erfolgsrate beim Wirken von Heilungs- und Krankheitszaubern an.
• Ordination: Gibt die Erfolgsrate beim Wirken von Buffs und Debuffs an.

Rohstoffe

• Power: Wieviel Power ein Charakter hat hängt je nach Klasse von verschiedenen Attributspunkten ab, bei Magiern ist dies die Intelligenz, bei Priestern die Weisheit. Die Power in Everquest II ist vergleichbar mit der Mana in anderen Spielen. Sie wird als Rohstoff für die meisten Zauber und Fähigkeiten benötigt und regeneriert mit der Zeit von alleine; dieser Prozess lässt sich durch verschiedene Zauber beschleunigen.
• Concentration: Jeder Archetype hat 5 Konzentrationspunkte. Wenn ein Zauber gewirkt wird der permanent ist, wie z.B. die Beschwörung eines Pets, muss neben Power zusätzlich ein Konzentrationspunkt verbraucht werden. Wird der permanente Zauber wieder aufgehoben bekommt der Charakter den Konzentrationspunkt zurück. Ist kein Konzentrationspunkt vorhanden können keine permanenten Zauber gewirkt werden bis wieder ein Konzentrationspunkt zur Verfügung steht.
• Spell Focus: Zauberfoki sind keine Rohstoffe im herkömmlichen Sinne. Als Zauberfokus wird in Everquest II eine Verzauberung auf einem bestimmten Gegenstand, vorallem auf Kleidungsstücken, bezeichnet. Diese Verzauberungen beziehen sich auf einen bestimmten Zauber und sorgern dafür, dass dieser mit maximaler Wirkung gezaubert werden kann (Zauberfoki beziehen sich nicht wie in Everquest I auf alle Zauber). Durch dieses System müssen auch die Magiebegabten Klassen stärker auf ihre Ausrüstung achten, denn ein Zauber kann nur durch das tragen eines Items mit dem entsprechenden Zauberfokus mit bestmöglicher Wirkung gezaubert werden.

Verbesserung von Zaubern

Jeder Zauber ist einer bestimmten Schule zugeordnet. Wann ein Zauber gelernt werden kann und wie mächtig er ist wird durch das Charakter- und das Fähigkeitenlevel des Magiers der den Zauber lernen bzw. ausführen will bestimmt.

Jede Klasse hat bestimmte Basiszauber die sie mit dem Erreichen neuer Level automatisch aus einer Zauberliste lernen können. Die wichtigsten davon, wie z.B. die Heilung bei einem Priester, werden mit der Zeit automatisch immer stärker, andere können nur durch Upgrades, die als Loot gefunden oder von Artisanen hergestellt werden können, verstärkt werden. Wenn ein Zauber nicht zu den Basiszaubern einer Klasse gehört muss sich der Charakter den Zauber irgendwoher beschaffen und ihn lernen, danach kann er wie die Basiszauber weiter ausgebaut werden.

Klassen die dazu fähig sind Magie zu wirken sind: Mages, Priests, Crusaders und Bards, wobei Priests und Mages ab dem 3ten Level und Crusaders und Bards ab dem 10ten Level dazu in der Lage sein werden Magie zu wirken.